L’ADN environnemental, un « outil surpuissant » pour l’inventaire et le suivi de la biodiversité

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En octobre 2021, Vincent Prié récolte des sédiments dans une source située près de Lodève, dans l’Hérault. Il les dépose dans une bassine. Puis il attend que les organismes vivants remontent sur les bords, en raison du manque d’oxygène. Il va les guetter la nuit, avec une lampe frontale et une petite pince. « Sous la lunette, clac, tout à coup j’ai chopé un escargot », raconte-t-il. Ce gastéropode « très mignon » et entièrement translucide mesure 2 millimètres de haut sur 0,2 millimètre de large et est endémique du bassin du Larzac. Il appartient à une nouvelle espèce, baptisée Moitessieria larzacensis, que Vincent Prié a décrite pour la première fois en janvier dans la revue Diversity.

Découverte en 2021 grâce à la filtration d’ADN, la « Moitessieria larzacensis » mesure 2 millimètres de haut sur 0,2 millimètre de large et est endémique du bassin du Larzac.

En cette fin juin, ce spécialiste des mollusques a sa frontale mais pas de bassine. Il allume une batterie que les touristes venus visiter la grotte de Labeil, à une dizaine de kilomètres de Lodève, devront enjamber. Il branche deux tubes en plastique, reliés à deux filtres, qui plongent dans les eaux souterraines bleu turquoise. En trois heures, 300 litres d’eau vont être pompés. Les particules filtrées seront ensuite analysées en laboratoire et permettront d’obtenir un inventaire quasi exhaustif des espèces vivant dans les eaux de cette grotte – parmi lesquelles devrait figurer le Moitessieria larzacensis.

Cette fois-ci, ce directeur de projet au sein du laboratoire Spygen n’aura attrapé aucun escargot ni aucun autre organisme : c’est leur ADN qu’il aura capturé. En plein essor depuis une dizaine d’années, la technique de l’ADN environnemental (ADNe) permet de recenser les espèces présentes dans un milieu à partir des traces qu’elles y ont laissées. « Tous les organismes perdent des cellules, notamment de peau, explique Vincent Prié, qui est également chercheur associé au Muséum national d’histoire naturelle. Ces cellules se dégradent et l’ADN se libère. Avec les filtres, nous arrivons à récupérer ces traces. » Ces « codes-barres d’ADN » sont ensuite séquencés et comparés à des bases de références d’espèces.

Une véritable révolution

L’ADN environnemental, un domaine dans lequel la France fait figure de pionnière, représente une véritable révolution pour l’inventaire et le suivi de la biodiversité. A la fin des années 2000, des chercheurs du laboratoire d’écologie alpine de Grenoble sont les premiers à démontrer que cette technique peut être utilisée pour détecter la présence de la grenouille taureau, une espèce invasive, dans des zones où elle n’avait pas encore été repérée.

Progressivement, la méthode confirme son efficacité pour une grande partie des espèces dans les milieux d’eau douce, puis en mer et dans les sols. En 2022, des études démontrent qu’il est aussi possible d’identifier des animaux en prélevant de l’air dans des zoos. En une décennie, le nombre de publications scientifiques sur le sujet explose. Au-delà des chercheurs, les gestionnaires d’espaces naturels et les décideurs s’emparent progressivement de cet outil pour répondre à certaines questions au niveau local. Où trouve-t-on encore l’apron du Rhône, un petit poisson en danger critique d’extinction ? Dans quels cours d’eau de Corse l’allose feinte remonte-t-elle pour se reproduire ?

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