Importante plateforme gérée par le Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), le Genoscope d’Evry (Essonne) est connu pour avoir été, entre 1996 et 2003, le premier laboratoire à avoir séquencé le chromosome 14 de l’ADN humain.
Depuis, une partie de ses activités liées à la santé a été délocalisée en créant un centre spécialisé dans le domaine de la génomique environnementale. « C’est-à-dire une structure consacrée à la reconstitution ou à l’étude du profil génétique de tous les êtres vivants eucaryotes [à l’exclusion de l’homme] dont l’ADN, enfermé dans les noyaux des cellules, est long et difficile à décrypter », explique son directeur, Patrick Wincker, qui copilote Atlasea, un programme visant à collecter et à identifier les « génomes de référence » de quatre mille cinq cents organismes marins eucaryotes.
C’est ici que seront amenés, en vue de séquençage ou de conservation à – 80 °C, les échantillons des organismes marins d’espèces différentes prélevés par Atlasea. Une fois sortis des frigos, ces tissus subiront une série de transformations dans le but d’en extraire des « méduses d’ADN ».
Broyage au pilon, mise en solution dans un tampon de lyse contenant des sels et des détergents à même de faire éclater les parois cellulaires et nucléaires, purification sous chloroforme par centrifugation, précipitation dans de l’alcool isopropylique… Le méticuleux protocole à respecter varie selon les familles taxonomiques, voire les espèces. Benoît Vacherie, technicien du CEA, reconnaît même avoir parfois dû solliciter des confrères étrangers pour obtenir des recettes.
Caractéristiques de l’organisme
« Certaines algues rouges, riches en polysaccharides, peuvent poser des problèmes, ainsi que les coraux, constitués à 90 % d’éléments secs, ou les bulots aux pieds visqueux fortement enrichis en eau », précise-t-il. Une fois cette étape franchie viendra la phase du décodage dans la grande salle où sont regroupées une dizaine de machines que fait visiter le responsable de la plateforme de séquençage du Genoscope, Pedro Oliveira.
Chaque séquenceur a ses avantages et ses inconvénients en matière de fiabilité et de temps d’exploitation. Et toute l’astuce, dit ce dernier, est de « savoir lesquels sont les plus à même de répondre rapidement aux besoins ».
Pour un projet comme Atlasea, cela dépendra essentiellement des caractéristiques de l’organisme. « Les petits génomes ne nécessitent pas les mêmes moyens que les gros », explique Janaina Rigonato, ingénieure au CEA. Et il faudra aussi tenir compte du nombre de jeux de chromosomes dans les cellules. Chez l’homme, c’est deux. Mais certaines espèces en ont un seul, d’autres, trois, quatre… jusqu’à huit ! »
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